Los controles táctiles sólo están disponibles en la edición para Nintendo DS: Equipo de Rescate Azul. Los demás controles valen para las dos ediciones y además, sirven para lo mismo.
| Botones | Efecto |
|---|---|
| Válidos para ambas ediciones | |
| Pad direccional | Moverse por el escenario |
Pad direccional +  | Correr (cuando corres, paras automáticamente al encontrar un pasillo, un Pokémon o un muro). |
 | Hablar a otro Pokémon, utilizar el ataque convencional o hablar a un Pokémon amigo. |
| Abrir el menú o cancelar. |
 | Abrir el menú de movimientos o seleccionar menú. |
 | Girarte para mirar al Pokémon adyacente. |
 + | Utilizar el movimiento asignado. |
+  | Lanzar el objeto arrojadizo asignado. |
| + | Mirar la lista de mensajes. |
| Mantener + | Gastar el turno recuperando PS. |
| Mantener + Pad direccional | Cambiar la dirección a la que miras. |
| Mantener + Pad direccional | Caminar en diagonal. |
| Exclusivos de Equipo de Rescate Azul | |
| Tocar la pantalla táctil | Moverse hasta ese lugar. |
| Tocar dos veces la pantalla táctil | Correr hasta ese lugar. |
| Tocar el menú de la pantalla | Seleccionar objetos del menú. |
| Tocar un Pokémon | Hablar a otro Pokémon, utilizar el ataque convencional o hablar a un Pokémon amigo. |
| Tocar al líder y arrastrar | Cambiar la dirección a la que miras. |
